smallworld_api/defaults.py
class Defaults: # Defaults -> Common -> Base -> Extras -> Searcher -> SmallWorld
# routes to API endpoints
base_url = 'https://sw.docking.org'
search_route = '/search/submit'
view_route = '/search/view'
stream_response = True
# database choice list is updated with ``df = SmallWorld.retrieve_databases()``
_db_updated = False
db_choices = ['REAL-Database-22Q1.smi.anon',
'WuXi-20Q4.smi.anon',
'all-zinc.smi.anon',
'for-sale.smi.anon',
'wait-ok.smi.anon',
'MculeUltimate-20Q2.smi.anon',
'bb_forsale.smi.anon',
'mcule_full.smi.anon',
'mcule-v.smi.anon',
'old-in-stock.smi.anon',
'mcule.smi.anon',
'informer-set.smi.anon',
'mculebb.smi.anon',
'bb_instock.smi.anon',
'Enamine-BB-Stock-Mar2022.smi.anon',
'Enamine-SC-Stock-Mar2022.smi.anon',
'interesting.smi.anon']
# most of these are enabled by default
sf_choices = ['Atom Alignment', 'SMARTS Alignment', 'ECFP4', 'Daylight']
# these are the keys that are valid according to the documentation for a submit request:
valid_submit_keys = ['smi', 'db', 'dist', 'tdn', 'tup', 'rdn', 'rup', 'ldn', 'lup', 'scores']
default_submission = {'dist': 8,
'tdn': 6,
'rdn': 6,
'rup': 2,
'ldn': 2,
'lup': 2,
'maj': 6,
'min': 6,
'sub': 6,
'sdist': 12,
'tup': 6,
'scores': 'Atom Alignment,ECFP4,Daylight'
}
@property
def speed_threshold(self):
# user cannot change!
# max 5 secs between each query
return 5
# this is the required information (kind of)
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