sanger/sequencescape

View on GitHub
data/sample_manifest.csv

Summary

Maintainability
Test Coverage
,,,,,,DNA Collections Form,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,Column Valid Entry Lists,,,,,,,,,
,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,
01/10/2010,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,Gender,,Conc Determination,,Storage Conditions,DNA Source,,Sample Purified / Sample Is Control,,Purification Method,
,_011010,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,M,Male,PicoGreen,PICOGREEN,+4C,Blood,BLOOD,Y,Yes,Glassmilk/Qiagen,GLASSMILK/QIAGEN
 Study:,ABC_123,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,F,Female,Nanodrop,NANODROP,-20C,Cell Line,CELL LINE,N,No,Ultrapure Column/Qiagen,ULTRAPURE COLUMN/QIAGEN
 Supplier:,Addenbrooks,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,Spectrophotometer,SPECTROPHOTOMETER,-80C,Saliva,SALIVA,,,Microdialyser/Spectrum,MICRODIALYSER/SPECTRUM
 No. Plates Sent:,1,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,Other,OTHER,-40C,Whole Genome Amplified,WHOLE GENOME AMPLIFIED,,,Ethanol,ETHANOL
,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,Other,OTHER
SANGER PLATE ID,WELL,SANGER SAMPLE ID,SUPPLIER SAMPLE NAME,COHORT,VOLUME (ul),CONC. (ng/ul),GENDER,COUNTRY OF ORIGIN,GEOGRAPHICAL REGION,ETHNICITY,DNA SOURCE,DATE OF SAMPLE COLLECTION (MM/YY or YYYY only),DATE OF   DNA EXTRACTION (MM/YY or YYYY only),DNA EXTRACTION METHOD,SAMPLE PURIFIED?,PURIFICATION METHOD,CONCENTRATION DETERMINED BY,DNA STORAGE CONDITIONS,MOTHER (optional),FATHER (optional),SIBLING (optional),GC CONTENT,PUBLIC NAME,TAXON ID,COMMON NAME,SAMPLE DESCRIPTION,STRAIN,SAMPLE TYPE,SAMPLE ACCESSION NUMBER (optional),,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,
DN234239A,A1,ABC_123290,ABC_123290,,10,20,,,,,Blood,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,
DN234239A,B1,ABC_123291,ABC_123291,,10,20,,,,,Blood,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,Any incomplete areas will be,,,,,,,,,,,,,,,
DN234239A,C1,ABC_123292,ABC_123292,,10,20,,,,,Blood,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,shaded in blue - ,,,,,,,,,,,,,,,
DN234239A,D1,ABC_123293,ABC_123293,,10,20,,,,,Blood,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,
DN234239A,E1,ABC_123294,ABC_123294,,10,20,,,,,Blood,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,Any incorrect data entries will,,,,,,,,,,,,,,,
DN234239A,F1,ABC_123295,ABC_123295,,10,20,,,,,Blood,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,be shaded in red - ,,,,,,,,,,,,,,,
DN234239A,G1,ABC_123296,ABC_123296,,10,20,,,,,Blood,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,
DN234239A,H1,ABC_123297,ABC_123297,,10,20,,,,,Blood,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,
DN234239A,A2,ABC_123298,ABC_123298,,10,20,,,,,Blood,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,
DN234239A,B2,ABC_123299,ABC_123299,,10,20,,,,,Blood,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,
DN234239A,C2,ABC_123300,ABC_123300,,10,20,,,,,Blood,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,Please refer to the accompanying document which describes the entry values that are permitted for each column. If you experience any problems please contact us.,,,,,,,,,,,,,,,
DN234239A,D2,ABC_123301,ABC_123301,,10,20,,,,,Blood,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,
DN234239A,E2,ABC_123302,ABC_123302,,10,20,,,,,Blood,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,
DN234239A,F2,ABC_123303,ABC_123303,,10,20,,,,,Blood,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,
DN234239A,G2,ABC_123304,ABC_123304,,10,20,,,,,Blood,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,
DN234239A,H2,ABC_123305,ABC_123305,,10,20,,,,,Blood,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,
DN234239A,A3,ABC_123306,ABC_123306,,10,20,,,,,Blood,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,
DN234239A,B3,ABC_123307,ABC_123307,,10,20,,,,,Blood,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,
DN234239A,C3,ABC_123308,ABC_123308,,10,20,,,,,Blood,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,
DN234239A,D3,ABC_123309,ABC_123309,,10,20,,,,,Blood,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,
DN234239A,E3,ABC_123310,ABC_123310,,10,20,,,,,Blood,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,
DN234239A,F3,ABC_123311,ABC_123311,,10,20,,,,,Blood,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,
DN234239A,G3,ABC_123312,ABC_123312,,10,20,,,,,Blood,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,
DN234239A,H3,ABC_123313,,,10,20,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,
DN234239A,A4,ABC_123314,,,10,20,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,
DN234239A,B4,ABC_123315,,,10,20,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,
DN234239A,C4,ABC_123316,,,10,20,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,
DN234239A,D4,ABC_123317,,,10,20,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,
DN234239A,E4,ABC_123318,,,10,20,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,
DN234239A,F4,ABC_123319,,,10,20,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,
DN234239A,G4,ABC_123320,,,10,20,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,
DN234239A,H4,ABC_123321,,,10,20,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,
DN234239A,A5,ABC_123322,,,10,20,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,
DN234239A,B5,ABC_123323,,,10,20,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,
DN234239A,C5,ABC_123324,,,10,20,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,
DN234239A,D5,ABC_123325,,,10,20,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,
DN234239A,E5,ABC_123326,,,10,20,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,
DN234239A,F5,ABC_123327,,,10,20,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,
DN234239A,G5,ABC_123328,,,10,20,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,
DN234239A,H5,ABC_123329,,,10,20,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,Version Reference cb5 September 2006,,,,,,,,,,,,,,,
DN234239A,A6,ABC_123330,,,10,20,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,DNACollectionsManifest.xls,,,,,,,,,,,,,,,
DN234239A,B6,ABC_123331,,,10,20,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,
DN234239A,C6,ABC_123332,,,10,20,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,
DN234239A,D6,ABC_123333,,,10,20,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,
DN234239A,E6,ABC_123334,,,10,20,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,
DN234239A,F6,ABC_123335,,,10,20,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,
DN234239A,G6,ABC_123336,,,10,20,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,
DN234239A,H6,ABC_123337,,,10,20,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,
DN234239A,A7,ABC_123338,,,10,20,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,
DN234239A,B7,ABC_123339,,,10,20,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,
DN234239A,C7,ABC_123340,,,10,20,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,
DN234239A,D7,ABC_123341,,,10,20,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,
DN234239A,E7,ABC_123342,,,10,20,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,
DN234239A,F7,ABC_123343,,,10,20,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,
DN234239A,G7,ABC_123344,,,10,20,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,
DN234239A,H7,ABC_123345,,,10,20,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,
DN234239A,A8,ABC_123346,,,10,20,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,
DN234239A,B8,ABC_123347,,,10,20,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,
DN234239A,C8,ABC_123348,,,10,20,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,
DN234239A,D8,ABC_123349,,,10,20,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,
DN234239A,E8,ABC_123350,,,10,20,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,
DN234239A,F8,ABC_123351,,,10,20,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,
DN234239A,G8,ABC_123352,,,10,20,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,
DN234239A,H8,ABC_123353,,,10,20,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,
DN234239A,A9,ABC_123354,,,10,20,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,
DN234239A,B9,ABC_123355,,,10,20,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,
DN234239A,C9,ABC_123356,,,10,20,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,
DN234239A,D9,ABC_123357,,,10,20,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,
DN234239A,E9,ABC_123358,,,10,20,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,
DN234239A,F9,ABC_123359,,,10,20,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,
DN234239A,G9,ABC_123360,,,10,20,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,
DN234239A,H9,ABC_123361,,,10,20,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,
DN234239A,A10,ABC_123362,,,10,20,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,
DN234239A,B10,ABC_123363,,,10,20,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,
DN234239A,C10,ABC_123364,,,10,20,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,
DN234239A,D10,ABC_123365,,,10,20,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,
DN234239A,E10,ABC_123366,,,10,20,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,
DN234239A,F10,ABC_123367,,,10,20,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,
DN234239A,G10,ABC_123368,,,10,20,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,
DN234239A,H10,ABC_123369,,,10,20,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,
DN234239A,A11,ABC_123370,,,10,20,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,
DN234239A,B11,ABC_123371,,,10,20,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,
DN234239A,C11,ABC_123372,,,10,20,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,
DN234239A,D11,ABC_123373,,,10,20,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,
DN234239A,E11,ABC_123374,,,10,20,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,
DN234239A,F11,ABC_123375,,,10,20,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,
DN234239A,G11,ABC_123376,,,10,20,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,
DN234239A,H11,ABC_123377,,,10,20,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,
DN234239A,A12,ABC_123378,,,10,20,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,
DN234239A,B12,ABC_123379,,,10,20,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,
DN234239A,C12,ABC_123380,,,10,20,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,
DN234239A,D12,ABC_123381,,,10,20,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,
DN234239A,E12,ABC_123382,,,10,20,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,
DN234239A,F12,ABC_123383,,,10,20,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,
DN234239A,G12,ABC_123384,,,10,20,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,
DN234239A,H12,ABC_123385,,,10,20,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,